Suprakiasmaattinen tumake välittää toistuvaa yön ja päivän signaaliaan aivoille ja muulle elimistölle liikkuvan viestinviejän välituksellä, tämä välittäjäaine on melatoniini.

Suprakiasmaattisen tumakkeen ohjaama melatoniinin eritys kasvaa pian hämärän laskeutumisen jälkeen, käpyrauhanen vapauttaa sitä verenkiertoon. Melatoniini vaikuttaa nukkumisen ajoitukseen viestimällä koko elimistölle pimeyden tulemisesta, se ei kuitenkaan juuri vaikuta unen aikaansaamiseen (yleinen harhaluulo).

Melatoniinin roolia voi havannollistaa vertaamalla nukkumista 100 metrin juoksuun.  Melatoniini on lähettäjä joka sanoo "paikoillanne" ... "valmiit" ja laukaisee sitten starttipistooliin. Lähettäjä (melatoniini) määrää kilpailun (nukkumisen) alkuhetken, mutta muuta tekemistä sillä ei juoksun kanssa ole.
Analogissa juoksijoita ovat eräät muut aivoalueet ja aivoissa tapahtuvat prosessit, jotka saavat aikaan uneen vaipumisen ja nukkumisen. Melatoniini ikäänkuin kerää nämä unta aivojen unta luovat alueet lähtöviivalle, kun on nukahtamisen aika. Melatoniini vain antaa "virallisen määräyksen" aloittaa nukkuminen, mutta ei osallistu siihen itse.

Nukkumisen aikana elimistön melatoniinipitoisuus yöllä ja aamun koitteessa hitaasti vähenee.
Kun auringonvalo tavoittaa aamulla aivot silmien kautta (suljettujen luomien läpikin), käpyrauhasen jarrupoljinta painetaan ja melatoniinin eritys lopetetaan. Kun melatoniini poistuu verenkierrosta, aivot ja muu elimistö saavat tiedon, että nukkumisessa on päästy maaliviivalle. Kun melatoniinin määrä taas nousee, se merkitsee uuden pimeyden vaiheen alkamista.