Henkilökohtaisen rytmin eli sirkadiaanisen rytmin (24:n tunnin sisäinen kello) ohjaava vaikutus.

Sirkadiaanirytmi on suunnilleen vuorokauden mittainen, mutta kuitenkin hieman pidempi, ihmisen sirkadiaanirytmin jakso on pituudeltaan keskimäärin 24 tuntia 15 minuuttia.

Aivot korjaavat sisäisen tahdistimen epätarkkuuden päivängonvalolla järjestelmällisesti 24 tunnin rytmiin. Päivänvalo ei kuitenkaan ole ainoa signaali, johon aivot voivat turvautua tarkistaessaan biologisen kellon, vaikka onkin tärkein ja vallitsevin, silloin kun sitä tarjolla on.
Aivot voivat käyttää myös muita ulkoa tulevia virikkeitä, silloin kun ne ovat luotettavasti toistuvia, vaikkapa ateriointia, kuntojumppaa, lämpötilan vaihtelua ja jopa säännölliseksi aikataulutettuja sosiaalisia vuorovaikutustilanteita. Sisäisen kellon tahdistamisesta käytetään nimitystä zeitgeberi.

Aivoissa vuorokautta mittaava kello välittää signaalinsa kaikille muille aivojen alueille ja koko elimistöön. Oman vuorokausirytmin mukaisesti määrität itsellesi, milloin haluat olla valveilla ja milloin haluat nukkua.

Tämä kello tahdittaa myös muita rytmisesti toistuvia ilmiöitä.
Sirkadiaanirytmi kertoo mihin aikaan vuorokaudessa mieluiten syöt ja juot, miten mielialasi ja tunnetilasi aaltoilevat, miten paljon uriinia (virtsassa ja hiessä) elimistösi missäkin vaiheessa tuottaa, miten ruumiinlämpösi vaihtelee, missä tahdissa ruuansulatuksesi toimii ja milloin erität elimistöösi mitäkin hormoonia.

Keskiaivoissa sijaitsevaa 24-tuntista biologista kelloa sanotaan suprakiasmaattiseksi tumakkeeksi. Nimitys juontuu latinasta; supra merkitsee yläpuolella ja chiasma merkitsee solmukohtaa.

Tässä solmukohdassa kohtaavat silmistä tulevat näköhermot. Kohtauspaikka on syvällä keskiaivoissa, siinä hermoyhteydet vaihtavat paikkaa aivopuoliskolta toiselle.

Suprakiasmaattinen tumake sijaitsee juuri tämän solmukohdan yläpuolella, sieppaa kummastakin silmästä näköhermoja pitkin tulevan valosignaalin tämän jatkaessa matkaansa aivojen takaosaan näköaistimusten käsittelyä varten.

Suprakiasmaattinen tumake käyttää tätä luotettavaa informaatiota valoisuudesta tahdistaakseen sisäisen ajanmittarinsa täsmälliseen 24 tunnin sykliin liukumia sallimatta.

Suprakiasmaattinen tumake koostuu 20 000 neuronista eli aivosolusta. Aivoissa on suunnilleen sata miljardia aivosolua, joten suprakiasmaattinen tumake on häviävän pieni osa aivoaineesta. Koostaan huolimatta se vaikuttaa aivojen kokonaisuuteen ja koko elimistöön todella vahvasti.

Biologinen sirkadiaanirytmi huolehtii myös ruumiinlämmön alenemisesta normaalin nukkumaanmenoajan lähestyessä, alimmilleen lämpö painuu suunnilleen kahden tunnin kuluttua nukahtamisesta.

Vaikka lämmön aleneminen auttaa nukahtamista, lämpötilan vaihtelu noudattaa samaa 24 tunnin sykliä riippumatta siitä, oletko hereillä vai nukutko.

Ruumiinlämmön vaihtelu on vain yksi monista suprakiasmaattisen tumakkeen hallitsemista vuorokausirytmeistä, valvetilan ja nukkumisen vaihtelu kuuluu myös niihin. Sirkadiaanirytmin käyrä siis nousee ja laskee vuorokauden jaksoissa siitä riippumatta, oletko nukkunut vai et.

Kaikkien ihmisten sirkadiaanirytmi ei ole sama.

Vaikka jokainen ihminen noudattaa samaa 24 tunnin sykliä, sen huippu-ja pohjakohdat eivät osu samoihin hetkiin, yksilölliset erot ovat varsin suuret.

Jotkut ovat virkeimmillään varhain aamulla ja muuttuvat uneliaiksi varhain illalla, näitä ns.aamuvirkkuja on ihmisistä noin 40 %:a, heidän toimintakykynsä on parhaimmillaan aamulla. Iltavirkkuja on väestöstä n.30 %:a, jotka menevät myöhään yöllä nukkumaan ja nukkuvat pitkälle aamuun tai jopa iltapäivään asti. Loput 30 %:a ihmisistä ovat rytmiltään näiden välimailta ja yleensä lähempänä iltavirkkuja.

Mikäli ihminen herätetään ennen luontaista rytmiään liian aikaisin, aivonsa pysyvät unenkaltaisessa tilassa vaikka ovatkin fyysisesti hereillä.

Tässä tilassa on etenkin aivan silmien yläpuolella sijaitseva aivojen etuotsalohko, jota voitaisiin sanoa aivojen pääkonttoriksi. Etuotsalohko vastaa vaativasta ajattelusta ja loogisesta päättelystä ja osallistuu tunne-elämän hallintaan. Mikäli ihminen herätetään väkisin ennen luontaista heräämistään, on etuotsalohko tehoton, eräänlaisessa "offline-tilassa" ja kestää aikansa toimiakseen.
Aamuvirkut ja iltavirkut ovat kaksi erilaista kronotyyppiä ja geenit määräävät pitkälti sen kumpaan tyyppiin yksilö kuuluu.